Toinen intifada alkoi syyskuussa 2000. Yhteenotoissa toisen intifadan aikana kuoli 1116 israelilaista ja 4066 palestiinalaista. Intifadan alkua avitti oppositiojohtaja Ariel Sharonin vierailu Jerusalemin Al-Aqsan moskeijassa, mutta useimmat arvioivat taustalla olevan muitakin syitä. Sharonin vierailu koettiin kuitenkin erittäin loukkaavaksi palestiinalaisten keskuudessa.[6] Palestiinalaiset ovat tehneet itsemurhaiskuja Israeliin ja Israelin puolustusvoimat ovat vastanneet tuhoamalla terroristien koteja ja tukipaikkoja.

Palestiinalaisalueiden miehitys ja juutalaissiirtokuntien laajentaminen johtivat osin spontaanisti syntyneeseen ensimmäiseen intifadaan eli palestiinalaisten kansannousuun vuonna 1987. PLO otti komennon kansannousussa ja jatkoi terroria israelilaisia siviilikohteita vastaan. Ensimmäinen intifada tuli tunnetuksi nuorten, kiviä heittelevien palestiinalaisten ja raskaasti aseistautuneiden israelilaissotilaiden yhteenotoista. Intifadassa kuoli 1551 palestiinalaista ja 422 israelilaista. Joulukuussa 1988 PLO julisti Palestiinan valtion perustetuksi vuotta 1967 edeltäneille palestiinalaisalueille. Tätä julistusta on pidetty Israelin tosiasiallisena tunnustamisena. Yhdysvallat ja monet muut valtiot tunnustivat PLO:n pian tämän jälkeen. Vuonna 1991 pidettiin PLO:n ja Israelin välillä Madridin rauhankonferenssi. Madridin neuvottelut toimivat tienavaajana myöhemmille rauhanneuvotteluille.